GaussView 6の特徴について
GaussView 6の新機能は青色、Gaussview 6で拡張された機能は 緑色です。
【分子構造の調査】
- マウス操作またはポジショニングツールバーを使用して、任意のディスプレイで3Dを回転、平行移動、および拡大
- 任意の構造パラメータの数値を表示
- 同じ構造の複数の同期したビューまたは独立ビューの使用（カスタマイズ可能）
- 複数の構造体を集合体として操作
- 表示形式：ワイヤーフレーム、チューブ、ボール＆スティック/ボンドタイプ、空間充填（CPK）スタイル
- 元素、シリアル番号、NMRシールド（可能な場合）の原子ごとの表示
- フォグ機能で深さを視覚化
- 立体化学情報の表示
- 豊富な選択機能による原子のハイライト、表示、非表示（オプションで永続的に）
【分子構造の構築/修正】
- 原子、官能基、環構造、アミノ酸（Central Fragment、アミノ末端またはカルボキシル末端） およびヌクレオシド（Central Fragment、C3'末端、C5'末端）のための便利なパレット
- カスタムフラグメントライブラリ
- 標準的な分子ファイル形式をインポート：
・PDBファイル、AMBERによって作成されたものも含む。 PDBファイルインポートの際に、必要に応じて水分子を含めるか除外するかの選択や標準的な残基の結合を適用。
・Gaussian入力ファイル（.gjfと.com）、Gaussian出力ファイル（.log）、チェックポイントファイル（.chkと.fchk）、 cube ファイル（.cub）、frequencyファイル（.gfrq）
・Sybylの .mol2、.ml2ファイル
・MDLファイル：.mol、.rxn、.sdf
・Crystallographic Information ファイル：.cif - 正確に水素を分子または選択全体に自動的または手動で加える
- セッション間でオプションをカスタマイズして保持できる高度なオープンダイアログ
・中間ジオメトリの読込み
・Gaussian入力ファイルとログファイルのロードオーダー
・PDBファイルと.mol2ファイルの設定
・書式設定されたチェックポイントファイルの保存 - 結合のタイプ/長さ、結合角、二面角の変更
- 高度なクリーン機能による合理的な構造
- 要求に応じて結合様式を再計算
- 分子構造の対称性を高めたり、対称性を下げたりすることが可能
- 構造の鏡像反転
- 選択された原子についての構造の反転
- 選択した原子の重心に原子/フラグメントを配置
- 原子のグループ名を定義
・クリック選択、マーキー選択、ブラシ選択モード
・原子タイプ、原子数、MM設定、ONIOMレイヤーを組み合わせた複雑なフィルター
・PDBファイルの残基、または二次構造による選択（例えば、ヘリックス構造、鎖構造）
・結合または近接条件による選択の拡大
・表示目的や Gaussian入力ファイルへのグループの利用 - 非標準の同位体の指定
- フラグメントの配置動作のカスタマイズ
- カスタム結合パラメータの指定
【特定の計算のためのグラフィカルセットアップ】
マウスやスプレッドシートの簡単操作による複雑な計算の入力を設定:
- ポリマー、2D表面、結晶構造の単位セルの構築（周期的境界条件）
・特定の空間対称性を保持 - 原子を次の方法でONIOMレイヤに割り当て
・直接選択
・特定の原子への結合近接
・指定された原子からの絶対距離
・PDB ファイルの残基、二次構造 - MM原子タイプと電荷を表示/指定
- 冗長な内部座標を追加/再定義
- QST2 / QST3 TS最適化に等価な原子を設定
- MOの操作：CASSCFなどの軌道を選択、再配置/再占有
- フラグメントのGuessやcounterpoise計算用のフラグメントの設定
・フラグメント固有の電荷とスピン多重度を割り当て - 分子仕様にPDBデータを含めることが可能
- 振動数計算のためにノーマルモードを選択可
- NMRスピン - スピンカップリングの原子を指定
- GMMXアドオンを使用して配座を探索
- ソフトウェアがインストールされている場合には、AMPACとの統合が可能
【Gaussian計算の準備と実行】
- メニュー形式のインターフェースを介して入力ファイルを作成:
・ポップアップメニューからジョブタイプ/計算方法/基底関数を選択；関連するオプションが自動表示
・すべての主要なGaussian 16の機能をサポート
・よく使用される一般的なオプションへの簡単なアクセス
・追加入力が可能；読み込んだファイルの入力セクションは保持
・保存/送信の前に入力ファイルをプレビュー - 溶媒を選択し、溶液中の計算に他のパラメータを指定
- Link0コマンドの指定
- マルチプロセッサおよびクラスタ/ネットワーク並列ジョブの設定を指定
- 計算スキームを使用してテンプレートからジョブを設定
- ワンクリックでGaussianジョブを「クイック起動」
- 自動的に生成された分子仕様
・オプションの接続セクション - ローカルマシンでの Gaussian やユーティリティプロセスの監視/制御
- 統合されカスタマイズ可能なキューイングシステム
- テキスト検索可能なウィンドウでログファイルをストリーム
- スクリプトを使用してリモートジョブを開始
- ジョブ固有の入力の自動生成
・ポリマーや結晶のような周期構造のPBC並進ベクトル
・軌道の修正
・QST2 / QST3遷移状態検索のための複数の分子仕様
・フラグメントのGuessやCounterpoiseにおけるフラグメントごとの電荷およびスピン多重度 - ワンクリックで分子群に計算設定を適用
- 固有のファイル名を使用して、分子グループに対する同一のジョブを1ステップで保存/送信
【Gaussian計算結果の検証と可視化】
- 複数ステップの結果ファイルから開くジョブを選択
- 基本情報、最適化ステップデータおよび熱化学的結果を含む計算結果概要の表示
- 分子群の結果表の表示
- 原子特性、予測された結合長および予測された結合順序を可視化
- 分子軌道、電子密度、静電ポテンシャル、スピン密度、NMRシールド密度の表面と等高線図の作成
・表示形式：3Dソリッド、半透明またはワイヤメッシュ；2D等高線
・別のプロパティによるサーフェスの色付け
・等高線レベルの指定
・Gaussianによって作成されたcubeファイルのロード；将来の再利用のために計算されたcubeファイルの保存。cube上で操作を実行。 - ノーマルモードの強化
・変位ベクトル、双極子微分単位ベクトル
・ノーマルモードに沿った構造の置換え
・表示するモードのサブセットの選択
・生成されたノーマルモードをチェックポイントファイルに保存
・スケール
・アニメーションをMP4動画として保存。速度、アスペクト比、繰り返し、 フレームとフレーム/ループ間の時間のオプションあり - IR、ラマン、NMR、VCD、ROA、UV-Visibleなどのスペクトルの表示
・調和または非調和の結果の選択
・プロット表示のカスタマイズ
・1つのスペクトルプロットに複数のデータセットを表示 - 振動数分析における同位体の代用
- 振動数に依存する計算に入射光周波数を指定
- Gaussianの軌道計算結果の表示
- 配座探索の結果セットのエネルギープロット表示
- NMR計算結果：
・NMR化学シフトの絶対値表示または基準物質に対する相対値の報告
・NMRサマリーデータをテキストとしてエクスポート - 構造のアニメーション化：ジオメトリ最適化、IRC反応経路、ポテンシャルエネルギー表面スキャン、BOMDおよびADMPのトランジェクトリー
・一度の再生またはループ再生;逆再生
・アニメーションをMP4動画として保存。速度、アスペクト比、フレームとエンドポイントなどのオプションあり
・関連データのプロットの作成 - 2変数スキャン計算の3Dサーフェスプロットを表示
- ズーム、スケーリング、反転などで、プロットやスペクトル表示をカスタマイズ
・プロットに分子の性質を追加
・高度なプロットカスタマイズ;線の色、キャンバスと背景の色、タイトル、x軸とy軸の設定など
・複数のオーバーレイプロットの混合エディタ (Mixture Editor) - 任意のイメージをファイルに保存(カスタマイズも含む)
・Webグラフィックスの作成：JPEG、PNGなどのフォーマット
・出版物並の品質のグラフィックファイルとプリントアウトの作成：TIFF、JPEG、ベクタ形式のEPS
・任意のサイズと解像度で画像を作成
・フルカラーまたは高品質のグレースケールフォーマットの選択
・カスタムの色や背景の指定 - プロットを画像またはテキストデータファイルとして保存
- アニメーションをGIF、MNG、MP4形式、また各フレームとして保存
- PCM溶媒和キャビティを表面として表示
【GaussViewのカスタマイズ】
GaussViewの機能のほとんどの設定を設定/保存
- 個別にツールバーをコントロール
- 色：要素ごと、分子ウィンドウの背景、サーフェス、透明度
- 原子とフラグメントの結合メソッド、必要に応じて水素の追加、自動化された完全または部分的な自動クリーン機能などの操作
- Gaussian16の計算設定
- Gaussianのジョブ実行方法
- 表示モード
- ウィンドウの配置と可視性
- アイコンサイズ
- ファイル/ディレクトリの場所
- イメージキャプチャと印刷のデフォルト
- アニメーション設定と動画のデフォルト
- クリーン機能のパラメータ
- 電荷分布の表示のデフォルト
- 結合パラメータのデフォルト
- GaussViewのヒント機能
- Windowsファイル拡張子の関連付け
- 状況に応じたヘルプ
