多くの人は、GaussViewがPDBファイルから入力されたタンパク質の全部または一部に水素原子を追加できることを知らないようです。 その際、様々な構成アミノ酸の原子価を記入するための標準的な配置を使用します。 さらに、GaussViewはPDBファイル中に存在する非標準の残基にも水素を追加することができます。

PDBファイルに水素を追加するさまざまな側面は、[ファイルを開く]ダイアログからアクセスできる [ファイルを開くのオプション]ダイアログで制御されます。

AポップアップメニューでAdd Hydrogens(水素を追加)をYesを選択すると、PDBファイルの原子をインポートする際に、 適切な場所に水素が追加されます。 この場合、いくつかの残基にはすでに水素原子があり、他の残基にはないPDBファイルをインポートしたいのです。 したがって、水素を持つ既存の残基が変更されないようにするために、オプションダイアログを使用して水素の自動追加（デフォルト） を抑制します。 このダイアログでは、PDB ファイルに存在する水分子をインポートするかどうかを選択することもできます （ここでは、水分子は省略しています）。

PDBファイルをインポートする次のステップは、水素を追加する残基内の原子を見つけて選択することです。 このジョブに最適なツールは、GaussViewの[編集]メニューからアクセスできるPDB残基エディターです。次のように進めます：

1.表示を目的の残基のみに制限したいと思います。画面の列の見出しをダブルクリックすると、列全体が緑色に変わりました。 次に、任意のセルでポップアップメニューからHide[非表示]を選択すると、分子全体が表示されなくなります。

2.次に、リストから目的の残基を探し出し、その表示状態を Show[表示]に設定します。 これにより、GaussViewの分子ウィンドウに再表示されます（ここではわかりやすくするためにチューブ形式で表示しています）。

3.ここで、表示されているすべての原子を選択したいと思います。 PDB Residue EditorのRows=>Select Atoms of Selected Rowsメニュー項目を選択すると、簡単にできます。 そうすると、すべての原子が黄色に変わり、選択された状態になります。

4.最後に、Edit[編集]=>Add Hydrogens to Selected Residues[選択した残基に水素を追加] メニューを選択すると、 タンパク質の選択部分に水素原子が追加されます。