CodonCode Alignerは、DNAシーケンスのアセンブリ、コンティグ編集、突然変異検出に役立つWindowsおよびMac OS X用のプログラムです。
WindowsとMac OS Xに対応しており、Phred-Phrapと互換性があり、シーケンス品質スコアを完全にサポートしています。また、親しみやすく分かり易いユーザーインターフェースを備えています。
機能
・ABI、AB1、またはSCF形式のシーケンスクロマトグラムをインポートし、FASTA、FASTQ、Sam、GenBank、またはEMBL形式のテキストファイルをインポートすることができます。
・サンプルのサブセット（例：n番目のサンプル、またはプロジェクト内の選択したシーケンスに一致するサンプルのみ）をインポートすることができます。
新しいテキストシーケンスを作成し、アクセッション番号でGenBankからインポートすることができます。
・シーケンス、コンセンサスシーケンス、アラインメント、タンパク質翻訳をSCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUPまたはPhylip形式でエクスポートすることができます。 ・シーケンスとコンティグの手動編集（サンプルまたはコンティグの末尾に削除およびコンティグ分割を含む）、曖昧性の呼び出しまたは削除、コンセンサスの一致、低品質ベースをNに変換する自動編集ツールなどがあります。
・ローカル、エンド・トゥ・エンド、または大きなギャップ（cDNAからgenomic）アルゴリズムを使用してフラグメントをアセンブルすることができます。
・参照シーケンスにアラインメントし、cDNAをgenomic DNAにアラインメントすることができます。
・ベクター汚染を除去するためにEnd clipを使用することができます。
・すべてのシーケンスに対してタンパク質翻訳を表示し、アミノ酸と塩基を切り替えることができます。
・ベクターと挿入物の一致するオーバーハングを簡単に見つけることができます。
・クローニング操作をシミュレートし、循環および線形シーケンスマップを表示することができます。
【ライセンスについて】
ライセンスは永久ライセンスです。初年度は無料でサポートメンテナンスがついてきますが、次年度以降は更新が必要となります。
Single user licenseとConcurrent licenseからお選びいただけます。
・Single user licenseは、1つの特定のコンピューターにバインドされています。
・Concurrent license（「ライセンスサーバー」または「ネットワーク」ライセンスとも呼ばれます）は、交互に複数のコンピューターで使用でき、Aligner License Serverプログラムによって管理されます。
Business版とAcademic版があります。
Academic版は、教育機関、学生、非営利団体、政府機関、研究所などの非商用目的に使用できます。
Business版は、Academic版に加えて、商用目的での使用が可能です。
試用版ダウンロードはこちら(30日間)
メーカーの製品サイト
https://www.codoncode.com/
【種別】シェアウェア
【言語】英語
機能
・ABI、AB1、またはSCF形式のシーケンスクロマトグラムをインポートし、FASTA、FASTQ、Sam、GenBank、またはEMBL形式のテキストファイルをインポートすることができます。
・サンプルのサブセット（例：n番目のサンプル、またはプロジェクト内の選択したシーケンスに一致するサンプルのみ）をインポートすることができます。
新しいテキストシーケンスを作成し、アクセッション番号でGenBankからインポートすることができます。
・シーケンス、コンセンサスシーケンス、アラインメント、タンパク質翻訳をSCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUPまたはPhylip形式でエクスポートすることができます。 ・シーケンスとコンティグの手動編集（サンプルまたはコンティグの末尾に削除およびコンティグ分割を含む）、曖昧性の呼び出しまたは削除、コンセンサスの一致、低品質ベースをNに変換する自動編集ツールなどがあります。
・ローカル、エンド・トゥ・エンド、または大きなギャップ（cDNAからgenomic）アルゴリズムを使用してフラグメントをアセンブルすることができます。
・参照シーケンスにアラインメントし、cDNAをgenomic DNAにアラインメントすることができます。
・ベクター汚染を除去するためにEnd clipを使用することができます。
・すべてのシーケンスに対してタンパク質翻訳を表示し、アミノ酸と塩基を切り替えることができます。
・ベクターと挿入物の一致するオーバーハングを簡単に見つけることができます。
・クローニング操作をシミュレートし、循環および線形シーケンスマップを表示することができます。
【ライセンスについて】
ライセンスは永久ライセンスです。初年度は無料でサポートメンテナンスがついてきますが、次年度以降は更新が必要となります。
Single user licenseとConcurrent licenseからお選びいただけます。
・Single user licenseは、1つの特定のコンピューターにバインドされています。
・Concurrent license（「ライセンスサーバー」または「ネットワーク」ライセンスとも呼ばれます）は、交互に複数のコンピューターで使用でき、Aligner License Serverプログラムによって管理されます。
Business版とAcademic版があります。
Academic版は、教育機関、学生、非営利団体、政府機関、研究所などの非商用目的に使用できます。
Business版は、Academic版に加えて、商用目的での使用が可能です。
試用版ダウンロードはこちら(30日間)
メーカーの製品サイト
https://www.codoncode.com/
【種別】シェアウェア
【言語】英語
